La Asociación de Cabildos Nasa Çxhãçxha, tiene como máximo órgano de dirección la Asamblea General de Socios (Cabildos Indígenas del municipio de Páez). Estos delegan la responsabilidad político – administrativa a una Junta Directiva conformada por un Presidente, Tesorero, Secretaría y Fiscal, con sus respectivos suplentes, además de una Junta de vigilancia y control conformada por dos miembros elegidos por la Asamblea General.
En la elección de la Junta Directiva cada uno de los quince gobernadores se hace presente con dos delegados de cada Resguardo, elegidos previamente por las comunidades mediante acta de asamblea firmada por los comuneros y cabildantes de las comunidades, postulando dos nombres para ocupar la Presidencia según la mayoría de votos y el segundo en votación para la Vicepresidencia, de igual manera se eligen los demás cargos. Adicionalmente hay un órgano de control constituido por la Junta de Vigilancia y Veeduría.
Para dar una respuesta adecuada a las necesidades de las comunidades indígenas y a las exigencias institucionales externas, la Asociación de Cabildos Nasa Çxhâçxha ha venido consolidando de manera progresiva y dinámica su estructura organizativa, la cual se establece en cinco áreas de planeación denominadas consejos:
- Consejo Socio cultural y Espiritual:
- Consejo Económico Productivo:
- Consejo Natural -Ambiental – Territorial
- Consejo Político – Organizativo